Büyük Menderes Havzası Çevre Koruma Birliği

            İlin en büyük gölü Bafa gölü olup, Büyük Menderes deltasının güneydoğusundadır. Söke-Milas-Bodrum yolu Bafa gölünün kenarından geçmektedir. İldeki diğer göller ise Samson dağı etekleri ile Menderes deltasının ayrım yerinde 4 kilometrekarelik alanı kaplayan Karina gölü ile Bafa gölünün kuzeyindeki ovada yer alan Azap gölüdür. 
            Söke - Milas yolu üzerinde bulunan Bafa Gölü doğanın ilginç oluşumlarından birisi. M.Ö. 4. yy.da Herakleia kentinin limanının bulunduğu Latmos körfezi zamanla, Büyük Menderes ırmağının getirdiği alüvyonlar nedeniyle, denizle bağlantısını kaybetmiş ve Ege'nin tuzlu en büyük gölü haline gelmiştir. Körfez göl olduktan sonra deniz ticareti için hiç değer taşımamaya başladı. Böylece yöre bir zamanlar çok zengin ve hareketliyken terk edilip ıssızlaşmıştır. Bu unutulmuşluk Bizans dönemine kadar devam etti. Arap istilasından kaçan bazı keşiş ve rahipler Bafa Gölü'nün çevresindeki sarp kayaları mesken tuttular. 10.yy.da Bafa Gölü'ndeki adalarda ve yakın çevresinde en azından onüç adet manastırın varlığı biliniyor. Bir kısmının kalıntıları hala mevcut. Bu manastırlar ancak 11. ve 12. yy.larda terkedilmiş. Manastırların yanı sıra dağın eteklerinde, doğal olarak oluşmuş kaya oyuklarında yaşamış olan bazı keşişlerin mekânları daha sonraları Fresko'larla (dini resimler) süslenmiş ve bugüne kadar gelebilmiştir. Ancak bu mağaralarda sadece dini resimler yer almamış, 80'li yıllardan bu yana devam eden araştırmaların sonunda tarih öncesi çağlara (8.000 – 10.000) ait mağara resimleri de bulunmuştur. Bu buluntular yörenin tarihi önemini bir kez dahaortaykoymaktadır.